杜姓的渊源主要有两大支：姜姓和祁姓。
第一支出自姜姓，神农氏的后代。相传在商朝时已经有杜国，神农氏的后裔后土的子孙以杜树为神树，故称杜，故地在今陕西长安东北。商末周国兴起，杜人归顺于周。史书上没有留下姜姓杜氏后裔的消息，可能完全融入祁姓杜氏了。
第二支源出祁姓，帝尧的子孙。4000多年前的帝尧初居山东定陶，后迁河北唐县，故号陶唐氏，祁姓。其实陶唐氏是当时活跃在华北地区的一支部落，由于帝尧的丰功伟绩，才使陶唐氏耀眼于后人的史书之中。舜封尧子丹朱为唐侯，到夏孔甲时，丹朱后裔刘累为夏王驯养龙（鳄鱼）有功而封于刘聚，即刘国。刘累后迁于河南鲁山，犹守故封。商朝后期武丁并灭地处今河南滑县的豕韦古国，更封刘累的后裔为豕韦国君。西周初期改为唐公，以奉尧祀。周成王灭唐，以封弟叔虞，史称唐叔虞。迁唐公于杜，降公爵为伯爵，遂称唐杜氏。古杜国在今陕西长安东北，是神农氏的后裔后土的居地，以杜树为神树，故称杜。至周宣王时杜伯无罪被杀，杜国子孙一部分出逃，留居杜城者为杜氏。春秋初，杜国为秦宁公所灭。祁姓杜氏的历史至少有2700年。